Нет ничего проще, чем сравнить два каталога, и показать различия в ОС Linux или FreeBSD
diff -r -q /www/site.ru /www/beta.site.ru/ > /www/beta.site.ru/diff.html
ключи -r рекурсивно, -q — не показывать сами различия, только имена файловв которых есть различия